Juan de Herrera es un arquitecto que sobre todo trabaja en la zona central y norte de España, pero realiza una obra de gran importancia en Andalucía; que es la Lonja de Sevilla. Esta surge tras el desarrollo comercial de la ciudad; y sus necesidades se vieron satisfechas con la ordenanza de la construcción de la lonja por orden de Felipe II; y bajo las trazas de Juan de Herrera, fue planteada en el año 1572.
En sus trazas destaca su elegancia, uso de órdenes apilastrados y juegos activos de plantas. El proyecto de Juan de Herrera es enviado y aprobado desde Madrid el 11 de julio de 1582, llevandose a la práctica el suyo frente al de Asensio de Maeda. Se iniciaron las obras en el año 1583, siendo finalizada en su primera planta en el año 1598, bajo el maestrazgo de Juan de Minjares y Alonso de Vandelvira. En el proyecto de Herrera se refleja un estilo clásico y austero en la realización del patio interior de la lonja. Se alude a lo clásico sin demasiado vigor o belleza, sino elegancia y respeto. La lonja sigue el estilo herreriano, definido por pilares y abierto entorno al patio central. Lo que nos hace ver que es de Juan de Herrera además de las fuentes, es su reconocible estilo.
Es apreciable en el patio interior, la utilización de la piedra, los ordenes e incluso en el apreciable parecido al patio de los evangelistas, realizado en El Escorial por el mismo arquitecto; el patio de la lonja es de menor tamaño eso si. Tiene similitud también en los grandes ventanales de arcos de medio punto. Así mismo otro aspecto similar, es como se remata la segunda planta de la misma forma en los dos patios. Por lo tanto, Herrera deja su sello, su maniera. Juan de Herrera y su particular estilo provocará una fuerte influencia en el primer barroco, pero también tuvo influencia en el manierismo español, sobre todo fuera Andalucía con la convivencia con discípulos afines a su estilo como Francisco de Mora. A pesar de ello, en Andalucía hay varios ejemplos en el que se ve la influencia del manierismo herreriano en lugares y obras quizás menos conocidas, pero que son importantes por su singularidad dentro de un manierismo más italianizante llevado a cabo en Andalucía.
El mayor ejemplo de influencia en otros autores que coincide en tiempo y situación en Andalucía, se trata de la intervenciones en el Palacio Episcopal de Córdoba, en ella se llevaron a cabo de reformas importantes y costeado por el episcopado de Diego de Mardones. Episcopado propuesto en el año 1607. Estas obras fueron realizadas por el arquitecto granadino Alonso Matías. Este arquitecto tuvo presente a los tratadistas italianos, gracias a poder acceder a las bibliotecas jesuíticas de las ciudades andaluzas en las que estuvo, Córdoba, Sevilla, Granada o Montilla.
Alonso Matías seguirá el modelo herreriano escurialense tanto en sus obras en retablo, como en arquitectura. Sigue una arquitectura señorial, lineal, robusta y sencilla; El claro ejemplo de influencia herreriana es la fachada oriental del palacio episcopal recientemente restaurada. Esta, está compuesta de tres alturas. En la primera vemos como se utiliza la piedra caliza, en la segunda alternado de cerámica y mampuesto y la tercera con una galería interior. Esta fachada se flanquea con dos torres de cinco pisos y en las que se encuentran ventanas cegadas. Estas torres tienen dos alturas y en sus ventanales encontramos molduras. Otro de los elementos que podemos observar es los contrafuertes coronados por balcones.
Uno de los elementos que más nos dejan ver ese estilo escurialense son los torreones a cuatro aguadas rematados con chapiteles. Estos torreones serán un elemento característico del Palacio Episcopal de Córdoba, como bien nos dejan ver las fuentes de la época como la ilustracion de George Braun en el año 1617 o las ilustraciones del viaje de Cosme de Médici.
También encontraremos elementos de influencia herreriana en la portada principal del Palacio Episcopal de Córdoba. Portada que está compuesta por dos cuerpos. El cuerpo inferior de forma adintelada y en su parte superior con utilización de pilastras de orden toscano. Parte superior rematada con un frontón de sección triangular. Frontón decorado con pináculos, elemento que da caracter al estilo herreriano y que es utilizado en esta ocasión por Alonso Matías. Toda la reforma del Obispo Diego de Mardones esta aludiendo al Escorial.
Así mismo, sucede en la fachada interior del Palacio Episcopal de Córdoba. Esta fachada da al llamado patio de recibo, y en ella destaca las cinco hileras de ventanales. Así mismo, sigue la sobriedad herreriana, presentado ventanales con molduras en los que sobresalen secciones cuadrangulares en sus esquinas. Se utilizará el mismo modelo que en la fachada oriental, en la que se sigue un sistema decorativo de dentellones, mascarones y ventanas enmarcadas. En su patio interior también encontramos influencia del manierismo encabezado por el Escorial.
